يستخدم البكتيريا المفيدة التي يمكن أن تستهلك الأمونيا السامة ومركبات النيتروجين التي تنتج عن فضلات الأسماك . تنمو البكتيريا المفيدة على أي سطح ، حيث تأتي العديد من المرشحات مع حلقات بيولوجية أو حلقات حيوية ذات مساحة سطح عالية لتوفير المزيد من الأماكن للعيش فيه